siRNA Oligo 设计软件设计原则

siRNA Oligo 设计软件设计原则

1． 希望软件可以在web 上使用。 即用户可以访问我们的网站， 输入基因代

码， 即可自行在网上设计siRNA Oligo。

2． 可参照的软件形式： 见如下网站： m.kkreddy.com

m.kkreddy.com

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3． 希望能就每一个所指定的基因找到至少四对以上可合成的双链RNA oligo。

4． 软件设计中的几个关键步骤如下：

A． 进入Gene Bank 调出指定基因序列；

B． 根据特定的一些规则选出一个基因片段；

C． 再根据一些规则写出正义和反义两段各 21个碱基的序列；

D． 最后通过反转，替代，空格得出最后结果。

具体设计原则：

1． 在所选基因的启动子后 50-100个碱基自5’-端开始

2． 寻找基因序列中的23个碱基， 最好是5‘- AA（N19）TT -3’ （N是任何

碱基）

3． 如果找不到四个以上AA（N19）TT，则用 AA（N21）补足。 4． 如果找不到四个以上AA（N21）， 则用 NA（N21）补足。 5． 所选定序列中，G和C的数目的总和在总数（23）的35-55%. 6． 满足以上1-5项要求的片段数目如果不足四个，将G和C的数目的总和放

宽至总数（23）的30-70%.

7． 选好上述序列后，以此确定所需合成双链RNA oligo 的序列如下： 8． 正义序列 （N19）TT 与上述选定的23 个碱基序列中的第3-23个碱基相

同

9． 反义序列的3’----5’ 的序列与目标序列中的第1-21个碱基互补， 即A变

成T，C变成G， T变成A， G变成C。

10． 将反义序列3’----5’ 改写成 5’----3’.

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